Actualmente, dos megaproyectos hidroeléctricos afectan el recorrido de este afluente hídrico que recorre 9 departamentos, 228 municipios y 7 ciudades capitales: la Salvajina, en el departamento del Cauca e Hidroituango, en el departamento de Antioquia. Ambos proyectos generan afectaciones ambientales, ecosistémicas y sociales a las comunidades que habitan la cuenca del río Cauca. Además, estos territorios han sufrido el rigor de la guerra durante las últimas décadas con presencia de grupos armados, masacres, homicidios y desapariciones forzadas que promovieron el despojo de tierras.
Ante esto, en el año 2019 y como respuesta a una acción de tutela, el Tribunal Superior de Medellín emitió la sentencia 038 de 2019 que declaró al río Cauca como sujeto de derechos, tutelando específicamente la recuperación, restauración, conservación y mantenimiento de la cuenca y ordenando la protección de los derechos de sus habitantes a una vida digna.